在日本的摩托車騎士來現身說法。法律和歷史方面原因已經有朋友回答了不作複述。
這個問題很好回答，在日本摩托車是用來玩的。（原付き那種助力車排除在外）
對這個結論有懷疑的可以在周末節假日和平日找兩天時間蹲在國道邊上做個簡單觀察，質和量天差地別。兩天不成，找條大路白天晚上觀察著也行。過兩天就是聖誕了，各城市的主要路段又要出現自發組織的浩浩蕩蕩的騎著摩託的聖誕老人遊街了，有興趣可以看一下。

回到正題，為什麼題主很少見到日本人騎摩托？因為除了安全原因以外，還有大量其他問題限制了摩托車的實用性。
我過去騎了三年摩托通學，學校在山上，每天來回大約15公里。我們學校當時五個停車場+兩個摩托停車場，ninja250R和dragstar400這種大路車能有20台。三年里風裡來雨裡去，頂過颱風碾過大雪，雨點打在臉上生疼，為了保證視野要摘下眼鏡，回到家皮衣裡面徹底濕透變成落湯雞。一定有人會說下雨天騎摩托能怪誰，可是島國這天氣就這樣說翻臉就翻臉，上午艷陽高照下午就暴雨傾盆的日子不在少數。從根本上就遏制了上班族使用摩托車通勤的現實性--穿著跑業務的西裝，拎著裝有文件的公文包，哪怕是公司配給的最低端的pro box（豐田的營業車）或者自家的二手小K（660cc的輕型汽車）都比杜卡迪哈雷實用上百倍--起碼人家帶個棚的。

有個答案提到了停車，在市中心的繁華區，摩托車停車其實遠遠比汽車麻煩：沒有停車位。摩托車基本是沒有停車位的，但是這並不代表哪都可以停，和自行車停在一起就等著看車把上的小黃紙吧，啪一萬，啪一萬。在日本哪怕再貴的停車位，換來的也是沒違反交規的安心感。把摩托停在不確定是否能停車的地方，帶來的心理壓力怕是比在正規停車位停台法拉利都來得大。我的摩托停在樓下大半年，吃了三張罰單，同一個地方停了幾個月好好的以為沒事，突然有一天就被貼了小黃紙。那段時間去什麼地方停車都要問一下附近的人這條路的馬路牙子是公有地還是私有地，麻煩到死。

基本這兩個原因就足以解答題主的疑惑。想看摩託的多少不要去繁華的市中心，應該在風和日麗的周末去郊區或者二三線城市的國道。摩托店也基本都在郊區或者國道上。

當然剩下的還有一些小小的問題。

騎摩托強制要帶頭盔，偏生今年流行的髮型都是夜店牛郎般的蓬蓬頭，每天要用髮膠打理的那種。戴上頭盔騎個幾公里摩托，妥妥的變成鍋蓋頭，對於大部分日本年輕人來說這個不能忍。

同時身上的行頭也很重要，最起碼皮衣，帶鍊長錢包，一雙看得過去的靴子。這些東西去店裡看看就知道有多貴，一件像樣的Schott起碼都要十幾萬日元。日本人對行頭很重視，所以偶爾也會出現買得起摩托車，行頭有點棘手的情況發生。

摩託的載物量是一個嚴重的問題，這個不說也可以想像。下班路上想帶點什麼回家基本很難，唯一實用的是home center裡賣的大型塑料箱（號稱長途騎士們的救世主，常年好評），但是太醜...

最後，摩托車雖然便宜，實際上高速費等等的優惠力度並不大，綜合來講比小K要貴。更別提十個摩托九個改，小改個排氣管轉向燈的，和人出去玩也沒面兒。Z1那種歷史名車有日本人會砸下上千萬日元貸款改裝，從此錢包是路人。